Dans les temps anciens, la principale signification rituelle de la mandragore était dans les cultes érotiques. En raison de la mauvaise qualité des sources qui nous sont parvenues, seules des informations rudimentaires sur ces pratiques sont disponibles. La source la plus importante sur l'utilisation de la mandragore en Orient est l'Ancien Testament, où les fruits (pommes d'amour) sont mentionnés à de nombreuses reprises sous l'ancien nom hébreu duda'im, et notamment comme aphrodisiaque (tous les interprètes de la Bible ne reconnaissent pas l'identification de duda'im avec Mandragora). Selon le rabbin Jacob ben Asher (1269-1343), le nom duda'im a sa base dans la numérologie. La valeur numérique du mot est identique à celle du mot hébreu ke'adam, « comme un humain », et fait allusion à la forme anthropomorphique. Il est possible que la mandragore, qui selon les principes kabbalistiques est un symbole pour devenir un, ait pu être utilisée dans des rites mystiques secrets dans l'ancien Israël.

La qualité aphrodisiaque a été attribuée principalement au parfum des fruits mûrs, jaune doré. Le livre de la Genèse contient un récit de ce qui aurait pu être un rituel magique archaïque :
Et Ruben alla aux jours de la moisson du blé [mai], et trouva des mandragores [duda'im] dans le champ, et les apporta à sa mère Léa. Alors Rachel dit à [sa soeur] Léa: Donne-moi, je te prie, des mandragores de ton fils. Et elle lui dit : Est-ce peu de chose que tu aies pris mon mari ? et veux-tu aussi enlever les mandragores de mon fils? Et Rachel dit: C'est pourquoi il couchera avec toi cette nuit pour les mandragores de ton fils. Et Jacob sortit des champs le soir, et Léa sortit à sa rencontre, et dit : Tu dois entrer chez moi ; car sûrement je t'ai loué avec les mandragores de mon fils. Et il coucha avec elle cette nuit-là. Et Dieu écouta Léa, et elle devint enceinte, et enfanta à Jacob le cinquième fils. (Genèse 30:14-17)

Un rituel similaire avec le fruit magique semble être à la base du texte très cité du Cantique érotique des Cantiques de Salomon :
"Là je te donnerai mes amours, Les mandragores donnent une odeur."
(Cantique des cantiques 7:12, 13)

Au Proche-Orient aujourd'hui, les fruits aromatiques de la mandragore sont encore considérés comme aphrodisiaques et utilisés dans la magie amoureuse.
Dans une autre légende de la période postbiblique, la création de la mandragore est attribuée à Adam lui-même :
Quand Adam a été séparé de sa femme Eve pendant une longue période, la longue abstinence lui a joué un tour. Il fantasmait sur sa présence avec une telle ardeur que sa semence, jaillie sous l'effet de l'étreinte amoureuse et pulvérisée sur le sol, donna naissance à une plante qui prit forme humaine, le Caiumamth, la mandragore.

La description la plus complète de cette racine magique et érotique et du rituel entourant sa récolte est de Flavius Josèphe (premier siècle), qui a écrit en grec afin de rendre les coutumes du peuple de Judée plus compréhensibles pour les Grecs. Il est possible qu'il ait obtenu ses connaissances magiques et botaniques des Esséniens, avec qui il a vécu quelque temps :
Dans la vallée qui se trouve du côté nord de la ville, Machairos se trouve un endroit spécial connu sous le nom de Baaras, où pousse une racine du même nom. Chaque soir, il brille d'une lueur rouge feu. Mais si quelqu'un veut s'en approcher pour le retirer, alors il est difficile à saisir, il s'éloigne des mains et ne peut être tenu tant qu'on n'a pas versé dessus du sang menstruel ou de l'urine.
Mais même dans ce cas, tout contact direct avec la racine signifie la mort subite, à moins que l'on ne la porte dans la main de manière à ce que le bout de la racine soit tourné vers le bas. Seul, on peut aussi prendre possession de la racine sans danger de la manière suivante : On creuse la terre tout autour, de sorte qu'il ne reste qu'un petit morceau de racine recouvert de terre. Ensuite, un chien y est attaché. Lorsque celui-ci essaie de suivre la personne qui l'a attaché, il arrachera bien sûr assez facilement la racine du sol. Mais à ce moment-là, le chien mourra, comme pour expier celui qui a vraiment enlevé la plante. Dès lors, on peut s'emparer de la racine sans crainte. La raison pour laquelle cette racine est si recherchée malgré sa nature dangereuse se trouve dans ses effets particuliers : car elle a le pouvoir de chasser les soi-disant démons, c'est-à-dire les esprits des personnes décédées mauvaises qui entrent dans le vivant. et tuez-les s'ils ne sont pas aidés, simplement en s'approchant des affligés. (Flavius losephus, Histoire de la guerre de Judée)

Dans l'Égypte ancienne, les fruits de la mandragore étaient utilisés comme cadeaux d'amour pendant la parade nuptiale et étaient probablement consommés comme aphrodisiaques. La plante d'amour semble avoir été associée à Hathor, la déesse de l'amour. La bière de mandragore qui lui était consacrée joua un rôle important dans le célèbre mythe décrivant la destruction de la race humaine et la création du ciel. Le dieu du soleil Ra était en colère contre les humains parce qu'ils avaient réussi à l'attaquer. Dans sa colère, il créa la terrible déesse à tête de lion Sekmet (une des premières formes d'Hathor) pour punir la race des humains. Elle fit rage parmi le peuple pendant une journée entière et n'avait pas encore fini quand le soleil se coucha, car elle voulait éteindre complètement l'humanité. Mais Ra ne voulait pas cela, et il a pensé à une astuce pour mettre fin au saccage mortel de la déesse. Il se fit apporter des fruits de mandragore d'Éléphantine, une île du Nil. Selon d'autres versions et/ou traductions, l'hématite ou « ocre rouge » a également été apportée. Dans le même temps, il a ordonné la production d'une énorme quantité de bière d'orge (sept mille cruches). Il y mélangea les mandragores (et l'hématite ou l'ocre rouge) et fit recouvrir les champs de bière rouge sang (la "boisson endormie"). Au lever du soleil suivant, lorsque la déesse vit la bière, elle aperçut d'abord son reflet et se reconnut ainsi. À cause de sa couleur rouge, elle pensait que la bière était du sang humain, et elle l'a bue avec avidité jusqu'à la dernière goutte. «Son visage est devenu doux en conséquence, et elle a bu; cela lui fit du bien. Ivre, elle est revenue, sans avoir reconnu les gens ».
Par reconnaissance, les humains ne se sont plus jamais soulevés contre Ra. Sakmet se transforma en la vache Hathor et emporta Rê dans les cieux. En commémoration de ces événements dramatiques, qui eurent lieu au début des temps, Rê institua la fête d'Hathor (littéralement, "fête de l'ivresse"), au cours de laquelle de jeunes filles consacrèrent à la déesse fabriquait une bière connue sous le nom de sdr.t ("boisson endormie") en utilisant une recette similaire. Les festivals Hathor étaient des orgies extatiques avec des performances obscènes, des activités sacrificielles et de la musique sauvage. Plus tard, Hathor fut célébrée comme l'inventrice de la bière et la « maîtresse de l'ivresse sans fin ».

La mandragore était aussi une magie d'amour sacrée dans la Grèce antique. Même la cueillette de la plante se faisait sous les auspices de la déesse de l'amour : « Il faut, dit-on, faire trois cercles autour de la mandragore avec une épée et la couper en faisant face à l'ouest. Et au moment de couper le deuxième morceau, il faut danser autour de la plante et parler le plus possible des mystères de l'amour ».
Le culte chypriote d'Aphrodite s'est développé directement à partir du culte oriental de la déesse de l'amour Ishtar, Astarte, Asherot, et cetera. J. Rendel Harris a proposé la théorie selon laquelle le culte grec d'Aphrodite pourrait remonter à l'assimilation grecque des conceptions orientales sur la mandragore. Aphrodite était également connue sous le nom de Mandragoritis ("elle de la Mandragore"), un nom qui nous a été transmis par Heschius. La Mandragore avait donc un lien intime avec la déesse de l'amour et était sacrée pour elle (cf. Papaver somniferum). Dans les Mystères antiques tardifs de la Grande Déesse, Aphrodite était identifiée à Hécate (Apulée, Métamorphoses). Ainsi, la « mandragore d'Hécate » n'était rien d'autre que la plante sacrée de la déesse de l'amour.
La mandragore, et surtout sa racine, était la plante d'Hécate.

La déesse chtonienne (également connue sous le nom d'Enodia ou Trivia) était originaire de Kairen (Asie Mineure) et portait de nombreux attributs asiatiques. En tant que déesse des trois chemins, , elle avait trois formes,  trois têtes et six bras. Elle était à la fois enracinée au ciel, sur terre et dans le monde souterrain. En tant que déesse des fantômes nocturnes (hallucinations visuelles), elle était accompagnée dans ses activités sauvages par des aboiements de chiens et des spectres bruyants (hallucinations auditives). Hécate était à la fois la déesse sorcière nocive (aliments empoisonnés) et la déesse de la naissance (aphrodisiaque, hallucinations érotiques). Une description du jardin magique d'Hécate est contenue dans la saga des Argonautes : « Beaucoup de mandragores poussent à l'intérieur ».

Eusebios (vers 260-339 CE), l'auteur de l'église chrétienne et grecque, considérait Hécate, la déesse des enfers, comme la "souveraine de tous les démons maléfiques", la "noire" ou un "démon de la folie de l'amour". » c'était l'équivalent d'Aphrodite. Elle est la mère de l'Italienne Circé et de la Médée de Colchide, la « super sorcière cosmique ». Elle envoie aux humains un sommeil étouffant et des rêves lourds et provoque l'épilepsie (la «maladie sacrée») et la folie (manie); en d'autres termes, elle est capable d'induire des états modifiés de conscience. Il semble presque que la déesse noire ne se révélerait qu'à travers les effets du jus de mandragore. Comme Démocrite (vers 470-380 av. J.-C.), le « philosophe riant », décrit dans son œuvre perdue Cheirokmeta (« choses faites à la main »), on pouvait invoquer la déesse avec la mandragore :
On sait maintenant que le livre Cheirokmeta est de Démocrite. Et combien de choses aventureuses cet homme est-il capable de rapporter, qui après Pythagore fut l'étudiant le plus dévoué de la magie ! Il parle de la plante aglaophotis, qui a reçu son nom en raison de l'émerveillement des humains pour sa couleur particulière, et qui prospère dans les carrières de marbre d'Arabie du côté perse, c'est pourquoi on l'appelle aussi tnarmaritis [= plante marbrière] ; les magiciens s'en servent lorsqu'ils veulent invoquer les dieux.

De nombreuses conjurations de l'Antiquité tardive ( papyrus magiques ) font appel à Hécate en tant que déesse la plus importante. Elle était généralement invoquée dans la magie amoureuse, puis souvent en association avec des chiens, et même avec Cerbère. Dans les papyrus magiques, Médée était parfois invoquée à la place d'Hécate.

La mandragore était aussi la plante de Circé. Fille d'Hélios, elle connaissait la magie et vivait sur la côte italienne au-dessus de la Sicile. Aujourd'hui, Monte Cicero reste la montagne sacrée de Circé.
Il est possible que la mandragore ait déjà été identifiée au molybdène à une date précoce.

On ne peut que spéculer sur l'usage rituel de la mandragore en Germanie. La mandragore était apparemment associée principalement à la magie de l'amour et à la divination, mais aussi à la guérison magique et rituelle. Hildegard von Bingen a décrit un petit rituel pour influencer la psyché (une sorte de rituel de guérison de la dépression) :
Et quand une personne est si confuse dans sa nature qu'elle est toujours triste et toujours en détresse, de sorte qu'elle a souvent de la faiblesse et de la douleur dans son cœur, elle doit prendre la mandragore après qu'elle a déjà été arrachée avec sa racine du sol, et il devrait le placer un jour et une nuit dans une source... puis le placer, lavé par la source, à côté de lui dans son lit. La plante se réchauffera à cause de sa sueur, et il devrait dire : « Dieu, qui crée les humains à partir de la saleté de la terre sans douleur. Maintenant je place cette terre, qui n'a jamais été foulée, à côté de moi, afin que ma terre ressente aussi cette paix que tu as créée.

Dans la magie de la Renaissance et au début de l'occultisme moderne, la mandragore était utilisée comme encens sous l'influence de la lune. Dans le Mecklembourg, les mandragores étaient autrefois placées sous l'oreiller pour que l'on fasse des rêves prophétiques.
En Roumanie, un culte érotique de la mandragore existait jusqu'au début du XXe siècle (Eliade 1942). Dans ce culte, la mandragore était considérée comme la plante de la vie et de la mort et était considérée comme un agent d'amour aphrodisiaque et magique. La plante a été récoltée pendant la pleine lune entre Pâques et le jour de l'Ascension. La récolte a été conduite selon des directives rituelles :
La plante doit être ramassée à l'insu des autres;
 . . . femmes et jeunes filles dansent nues autour de la mandragore, parfois elles se contentent de simplement lâcher leurs cheveux Les couples se caressent et s'embrassent. Pour ramasser les feuilles de la mandragore, les filles se couchent l'une sur l'autre à la manière de l'acte sexuel. Quatre jeunes filles cueillent la mandragore et prononcent dessus des formules magiques ; ils l'enterrent au milieu de la rue, où ils dansent alors complètement nus. Pendant la danse, quatre jeunes garçons restent à proximité pour veiller sur eux ; ils répètent:

« Mandragore, bonne mère,
épouse-moi ce mois-ci,
sinon dans celui-ci, alors dans le suivant,
mais fais en sorte que je ne reste plus une fille.

Des offrandes (sel, pain, sucre, vin, alcool, œufs, etc.) étaient placées dans le trou d'où la mandragore était extraite. La racine était ramenée à la maison, soigneusement lavée et portée comme un talisman.