Die Assyrer nannten Bilsenkraut Sakiru. Sie verwendeten die Pflanze für medizinische Zwecke, als berauschenden Zusatz zum Bier und als Weihrauch (in Kombination mit Schwefel) zum Schutz vor Magie.

Im alten Persien war Bilsenkraut als Bangha bekannt, ein Name, der später auf Hanf (Cannabis sativa) und andere psychoaktive Pflanzen angewendet wurde. Bilsenkraut hatte wie das noch nicht eindeutig identifizierte Haoma eine religiöse Bedeutung als Kultdroge. Viele persische Quellen beschreiben Reisen in andere Welten und Visionen, die durch verschiedene Bilsenkraut-Zubereitungen hervorgerufen wurden. Prinz Vishtasp, der als Beschützer Zarathustras (= Zarathustra) in die Geschichte eingegangen ist, trank Mang, eine Zubereitung aus Bilsenkraut und Wein. Danach fiel er in einen tödlichen Schlaf, der drei Tage und drei Nächte dauerte. Während dieser Zeit reiste seine Seele in das obere Paradies.
Einer späteren Quelle zufolge trank er eine Mischung aus Horn (= Haoma) und Bilsenkraut in Wein. Auch ein anderer persischer Visionär namens Viraz unternahm mit Hilfe einer Mischung aus Bilsenkraut und Wein eine dreitägige Reise in andere Welten. Am Ende der dritten Nacht „hatte die Seele des Gerechten [= Viraz] das Gefühl, inmitten von Pflanzen zu sein und Düfte einzuatmen. Es spürte einen intensiv riechenden Wind, der aus dem Süden wehte. Die Seele des Gerechten hat diesen Wind durch die Nase eingeatmet.“

Die Kelten kannten das Schwarze Bilsenkraut als Beleno und weihten es Belenus, dem Gott der Orakel und der Sonne. Es wurde ihm zu Ehren als Räuchermittel verbrannt. Druiden und Barden, die den Rauch einatmeten, wurden in die „andere Welt“ gebracht, wo sie mit Feen und anderen Wesen kommunizieren konnten.

Bilsenkraut scheint auch eine der wichtigsten Ritualpflanzen der Wikinger gewesen zu sein. Wikingergräber aus der Eisenzeit haben Hunderte von Bilsenkrautsamen hervorgebracht. Das Grab einer Frau auf Fyrkat (Dänemark) ist weithin bekannt. Die wichtigste Grabbeigabe der Frau war ein mit unzähligen Bilsenkrautsamen gefüllter Lederbeutel.

Die ältesten ethnohistorischen Zeugnisse der germanischen Verwendung des Bilsenkrauts als Zauberpflanze sind im neunzehnten Buch der Sammlung kirchlicher Erlasse (Deutsches Bufibuch) des Bischofs Burchard von Worms (gest. 1025) enthalten. In einer Beichtfrage wurde folgendes Ritual erstaunlich detailliert beschrieben:
Hast du getan, was bestimmte Frauen tun? Wenn sie Regen brauchen und keinen haben, sammeln sie mehrere Mädchen und wählen aus diesen ein kleines Mädchen als eine Art Anführerin aus. Sie entkleiden sie und bringen sie außerhalb der Siedlung zu einem Ort, wo sie Hyoscyamus finden, was auf Deutsch Fahrrad heißt. Sie lassen sie diese Pflanze mit dem kleinen Finger der rechten Hand herausziehen und die entwurzelte Pflanze mit irgendeiner Art Schnur an den kleinen Zeh des rechten Fußes binden. Dann führen die Mädchen, von denen jede einen Stab in den Händen hält, das erwähnte Mädchen zum nächsten Fluss und ziehen die Pflanze hinter sich her. Die Mädchen benutzen dann die Stäbe, um das junge Mädchen mit Flusswasser zu besprengen, und hoffen, auf diese Weise durch ihre Magie Regen zu verursachen. Dann nehmen sie das junge Mädchen, so nackt wie es ist, das seine Füße absetzt und sich wie ein Krebs bewegt, an den Händen und führen es vom Fluss zurück zur Siedlung. Wenn Sie dies getan oder zugestimmt haben.

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Solche Aktivitäten bringen Bilsenkraut in Verbindung mit Donar, dem germanischen Gott des Donners, des Wetters und der Stürme. Die Römer verbanden die Pflanze mit ihrem Gott Jupiter, den sie mit dem germanischen Donnergott gleichsetzten. In der Schweiz wird noch heute der Volksname Jupitersbon, „Jupiterbohne“, verwendet.
Von allen germanischen Göttern war Donar der eifrigste Trinker und der fähigste, sein Getränk zu halten. Aus diesem Grund wurden ihm die stark berauschenden Bockbiere geweiht. Das Bier des Donnergottes wurde mit Bilsenkraut, seiner Pflanze, gebraut. Wegen der großen Nachfrage nach Bilsenkraut, das in Deutschland und Nordeuropa recht selten ist, legten die alten Germanen Bilsenkrautgärten eigens zum Bierbrauen an. Diese Felder mit kultiviertem Bilsenkraut standen unter dem Schutz von Wotan/Odin, Donars Vater, und galten als heilig. Diese Geschichte vieler Orte, an denen diese Gärten einst standen, lebt in ihren Namen weiter, wie Bilsensee, Billendorf, Bilsengarten und besonders das böhmische Plzeh (= Pilsen = Bilsenkraut).

Bilsenkraut wurde im Mittelalter und in der frühen Neuzeit in Europa allgemein mit Hexerei und Zauberei in Verbindung gebracht, insbesondere mit Orakel und Liebeszauber. Lonicerus bemerkte: „Die alten Frauen benutzen diese Pflanze, um zu zaubern, sie sagen, dass jeder, der die Wurzel mit sich herumträgt, unverwundbar bleibt.“
Man glaubte auch, dass Bilsenkrautrauch unsichtbar machen könne, und die Blätter wurden zu diesem Zweck in einer Pfeife geraucht. Wenn eine Pflanze tatsächlich ein echter Bestandteil von Hexensalben war, dann war es Bilsenkraut :
Das Gift des Bilsenkrauts wirkt schnell, da es von der Haut aufgenommen wird. Und etwas anderes. Es wirkt besonders schnell und intensiv, wenn es über die Schleimhäute aufgenommen wird. Aber da Bilsenkraut auch auf die Besen geschmiert wurde, auf denen Männer und Frauen nackt ritten, waren die Auswirkungen tiefgreifend. Bei den Frauen war die Wirkung deutlich stärker und schneller zu spüren, da bei wilden Bewegungen die Schleimhäute von Anus und Vagina mit dem Besenstiel in Kontakt kamen und die Wirkung sofort eintrat. 
Im modernen Okkultismus wurden Bilsenkrautsamen als Begasungsmittel verwendet, um Geister zu beschwören, insbesondere für Nekromantie oder die Beschwörung der Toten. 

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Das folgende Rezept wurde verwendet, um ein Pulver zur Verwendung als Begasungsmittel zu mischen:
1 Teil Fenchelwurzel/-samen (Foeniculum vulgare) 
1 Teil Olibanum (Boswellia sacra)
4 Teile Bilsenkraut (Hyoscyamus niger)
1 Teil Koriandersamen (Coriandrum sativum L.)
1 Teil Cassiarinde (Cinnamomum cassis Presl)

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Es hieß, man solle diesen Weihrauch in einen gespenstisch dunklen Wald mitnehmen und an einem Baumstumpf eine schwarze Kerze und das Räuchergefäß anzünden. Das Pulver sollte gebrannt werden, bis die Kerze plötzlich erlosch. Dann sah man die Geister der Nacht in der Dunkelheit aus dem Rauch auftauchen. Um die Geister zu vertreiben, sollte eine Mischung aus gleichen Teilen Asafetida („Teufelsdreck“) und Olibanum verbrannt werden.

Bilsenkraut wurde und wird in Asien für psychoaktive Zwecke verwendet. Das Pen-ts'ao Ching, ein sehr altes chinesisches Kräuterbuch, enthält die folgenden Informationen über die als Langtang bekannte Unterart:
Die Samen, wenn sie richtig zubereitet und über einen langen Zeitraum eingenommen werden, ermöglichen es einem, einen sehr langen Weg zu gehen, sind nützlich für den Geist und steigern die Kraft. . . . Außerdem kann man durch sie mit Geistern kommunizieren und Teufel sehen. Wenn sie im Übermaß eingenommen werden, machen sie einen dumm.

Die Samen scheinen zusammen mit denen von Caesalpinia decapetala als psychoaktives Räucherwerk verwendet worden zu sein.