In der Antike lag die primäre rituelle Bedeutung der Alraune in erotischen Kulten. Aufgrund der schlechten Qualität der uns überlieferten Quellen liegen jedoch nur rudimentäre Informationen über diese Praktiken vor. Die wichtigste Quelle über die Verwendung der Alraune im Orient ist das Alte Testament, wo die Früchte (Liebesäpfel) mehrfach unter dem althebräischen Namen duda'im erwähnt werden, und zwar als Aphrodisiakum (nicht alle Ausleger der Bibel anerkennen die Identifizierung von Duda'im mit Mandragora). Laut Rabbi Jacob ben Asher (1269-1343) hat der Name Duda'im seine Grundlage in der Numerologie. Der Zahlenwert des Wortes ist identisch mit dem des hebräischen Wortes ke'adam, „wie ein Mensch“, und ist eine Anspielung auf die anthropomorphe Gestalt. Es ist möglich, dass die Alraune, die nach kabbalistischen Prinzipien ein Symbol dafür ist, eins zu werden, im alten Israel in geheimen mystischen Riten verwendet wurde.

Die aphrodisische Qualität wurde vor allem dem Duft der reifen, goldgelben Früchte zugeschrieben. Das Buch Genesis enthält einen Bericht über ein möglicherweise archaisches magisches Ritual:
Und Ruben ging in den Tagen der Weizenernte [Mai] und fand Alraunen [duda'im] auf dem Feld und brachte sie zu seiner Mutter Lea. Da sagte Rahel zu [ihrer Schwester] Lea: Gib mir, ich bitte dich, von den Alraunen deines Sohnes. Und sie sprach zu ihr: Ist es eine Kleinigkeit, dass du meinen Mann genommen hast? und willst du meinem Sohn auch die Alraunen wegnehmen? Und Rahel sprach: Darum soll er heute Nacht bei dir liegen wegen der Alraunen deines Sohnes. Und Jakob kam am Abend vom Feld, und Lea ging ihm entgegen und sprach: Du musst zu mir hereinkommen; denn gewiss habe ich dich mit den Alraunen meines Sohnes angestellt. Und er lag in dieser Nacht bei ihr. Und Gott erhörte Lea, und sie wurde schwanger und gebar Jakob den fünften Sohn. (Genesis 30:14-17)

Ein ähnliches Ritual mit der magischen Frucht scheint dem vielzitierten Text des erotischen Liedes Salomos zugrunde zu liegen:
"Dort will ich dir meine Liebe geben, Die Alraunen riechen."
(Lied Salomos 7:12, 13)

Im Nahen Osten gelten die aromatischen Früchte der Alraune noch heute als Aphrodisiaka und werden in der Liebeszauberei eingesetzt.
In einer anderen Legende aus nachbiblischer Zeit wird die Erschaffung der Alraune Adam selbst zugeschrieben:
Als Adam längere Zeit von seiner Frau Eva getrennt war, spielte ihm die lange Abstinenz einen Streich. Er phantasierte mit solcher Leidenschaft von ihrer Anwesenheit, dass aus seinem Samen, der infolge der liebevollen Umarmung herausschoss und auf den Boden spritzte, eine Pflanze entstand, die menschliche Gestalt annahm, die Caiumamth, die Mandragora.

Die ausführlichste Beschreibung dieser magischen und erotischen Wurzel und des Rituals rund um ihre Ernte stammt von Flavius Josephus (1. Jahrhundert), der auf Griechisch schrieb, um den Griechen die Bräuche der Menschen in Judäa verständlicher zu machen. Möglicherweise erhielt er sein magisches und botanisches Wissen von den Essenern, mit denen er einige Zeit zusammenlebte:
In dem Tal auf der Nordseite der Stadt Machairos befindet sich ein besonderer Ort namens Baaras, an dem eine gleichnamige Wurzel wächst. Jeden Abend erstrahlt es in einem feuerroten Schein. Will man sich ihm aber nähern, um ihn herauszuziehen, dann ist er schwer zu fassen, er reißt aus den Händen und kann nicht gehalten werden, bis man Menstruationsblut oder Urin darauf geschüttet hat.
Aber auch dann bedeutet jeder direkte Kontakt mit der Wurzel den plötzlichen Tod, es sei denn, man trägt ihn so in der Hand, dass die Wurzelspitze nach unten zeigt. Alleine kann man die Wurzel auch gefahrlos auf folgende Weise in Besitz nehmen: Man gräbt ringsherum die Erde auf, so dass nur ein kleines Stück der Wurzel von der Erde bedeckt bleibt. Dann wird ein Hund daran gebunden. Wenn dieser versucht, der Person zu folgen, die ihn gebunden hat, wird er natürlich ganz leicht die Wurzel aus dem Boden ziehen. Aber in diesem Moment wird der Hund sterben, als wolle er für den sühnen, der die Pflanze wirklich weggenommen hat. Von da an kann man die Wurzel ohne Angst ergreifen. Dass diese Wurzel trotz ihrer Gefährlichkeit so begehrt ist, liegt an ihrer besonderen Wirkung: Denn sie hat die Kraft, die sogenannten Dämonen, also die Geister böser Verstorbener, die in die Lebenden eindringen, zu vertreiben und töte sie, wenn ihnen nicht geholfen wird, indem du dich einfach den Bedrängten näherst. (Flavius losephus, Geschichte des Judäischen Krieges)

Im alten Ägypten wurden Alraunfrüchte als Liebesgeschenke bei der Balz verwendet und wahrscheinlich als Aphrodisiakum gegessen. Die Liebespflanze scheint mit Hathor, der Göttin der Liebe, in Verbindung gebracht worden zu sein. Das ihr geweihte Alraunenbier spielte eine wichtige Rolle in dem berühmten Mythos von der Vernichtung der Menschheit und der Erschaffung des Himmels. Der Sonnengott Ra war wütend auf die Menschen, weil sie es erfunden hatten, ihn anzugreifen. In seinem Zorn erschuf er die schreckliche löwenköpfige Göttin Sekmet (eine frühe Form von Hathor), um die Rasse der Menschen zu bestrafen. Sie wütete einen ganzen Tag unter den Menschen und war bei Sonnenuntergang noch nicht fertig, denn sie wollte die Menschheit restlos auslöschen. Aber Ra wollte das nicht und dachte sich einen Trick aus, um den tödlichen Amoklauf der Göttin zu beenden. Er ließ Alraunenfrüchte von Elephantine, einer Insel im Nil, zu sich bringen. Nach anderen Versionen und/oder Übersetzungen wurde auch Hämatit oder „roter Ocker“ mitgebracht. Gleichzeitig befahl er die Herstellung einer riesigen Menge Gerstenbier (siebentausend Krüge). Er mischte die Alraunen (und den Hämatit oder roten Ocker) hinein und ließ die Felder mit dem blutroten Bier (dem „Schlaftrunk“) bedecken. Beim folgenden Sonnenaufgang, als die Göttin das Bier sah, nahm sie zuerst ihr Spiegelbild wahr und erkannte sich dadurch wieder. Aufgrund der roten Farbe hielt sie das Bier für Menschenblut und trank es eifrig bis zum letzten Tropfen aus. „Dadurch wurde ihr Gesichtsausdruck sanft, und sie trank; das tat ihrem Herzen gut. Betrunken kehrte sie zurück, ohne die Menschen erkannt zu haben“.
Aus Dankbarkeit erhoben sich die Menschen nie wieder gegen Ra. Sakmet verwandelte sich in die Kuh Hathor und trug Ra in den Himmel. Zum Gedenken an diese dramatischen Ereignisse, die zu Beginn der Zeit stattfanden, gründete Ra das Hathor-Fest (wörtlich „Fest der Trunkenheit“), bei dem sich junge Mädchen weihten der Göttin würde nach einem ähnlichen Rezept ein Bier namens sdr.t („Schlaftrunk“) herstellen. Die Hathor-Feste waren ekstatische Orgien mit obszönen Darbietungen, Opferhandlungen und wilder Musik. Später wurde Hathor als Erfinder des Bieres und „Herrin des Rausches ohne Ende“ gefeiert.

Auch im antiken Griechenland war die Alraune ein heiliger Liebeszauber. Auch das Sammeln der Pflanze stand unter der Schirmherrschaft der Liebesgöttin: „Man soll, so heißt es, mit dem Schwert drei Kreise um die Alraune ziehen und sie mit Blick nach Westen durchschneiden. Und beim Schneiden des zweiten Stücks sollte man um die Pflanze herumtanzen und so viel wie möglich über die Geheimnisse der Liebe sprechen.“
Der zypriotische Aphrodite-Kult entwickelte sich direkt aus dem orientalischen Kult der Liebesgöttin Ishtar, Astarte, Asherot und so weiter. J. Rendel Harris schlug die Theorie vor, dass der griechische Aphrodite-Kult auf die griechische Assimilation der orientalischen Vorstellungen über die Alraune zurückzuführen sei. Aphrodite war auch als Mandragoritis („Sie der Mandragora“) bekannt, ein Name, der uns von Heschius überliefert wurde. Die Mandragora hatte somit eine innige Verbindung zur Liebesgöttin und war ihr heilig (vgl. Papaver somniferum). In den spätantiken Mysterien der Großen Göttin wurde Aphrodite mit Hekate (Apuleius, Metamorphosen) identifiziert. Somit war die „Alraune der Hekate“ nichts anderes als die heilige Pflanze der Liebesgöttin.
Die Alraune, und besonders ihre Wurzel, war die Pflanze der Hekate.

Die chthonische Göttin (auch bekannt als Enodia oder Trivia) stammte aus Kairen (Kleinasien) und trug viele asiatische Attribute. Als Göttin der drei Pfade,   hatte sie drei Formen,  , drei Köpfe und sechs Arme. Sie war gleichzeitig im Himmel, auf Erden und in der Unterwelt verwurzelt. Als Göttin der nächtlichen Spuks (visuelle Halluzinationen) wurde sie bei ihrem wilden Treiben von bellenden Hunden und lärmenden Gespenstern (auditive Halluzinationen) begleitet. Hekate war sowohl die schädliche Hexengöttin (Giftnahrung) als auch die Geburtsgöttin (Aphrodisiaka, erotische Halluzinationen). Eine Beschreibung des magischen Gartens von Hekate ist in der Argonautensage enthalten: „Viele Alraunen wachsen darin“.

Eusebios (ca. 260-339 n. Chr.), der christliche und griechische Kirchenautor, hielt Hekate, die Göttin der Unterwelt, für die „Herrin aller bösen Dämonen“, die „Schwarze“ oder einen „Dämon des Liebeswahnsinns“. “, das war das Äquivalent von Aphrodite. Sie ist die Mutter von Circe aus Italien und Medea aus Kolchis, der „kosmischen Superhexe“. Sie sendet den Menschen dämpfenden Schlaf und schwere Träume und verursacht Epilepsie (die „heilige Krankheit“) und Wahnsinn (Manie); mit anderen Worten, sie ist in der Lage, veränderte Bewusstseinszustände hervorzurufen. Fast scheint es, als würde sich die dunkle Göttin nur durch die Wirkung des Alraunensaftes offenbaren. Wie Demokrit (ca. 470-380 v. Chr.), der „lachende Philosoph“, in seinem verschollenen Werk Cheirokmeta („handgemachte Dinge“) beschrieb, könnte man die Göttin mit der Alraune anrufen:
Jetzt ist bekannt, dass das Buch Cheirokmeta von Demokrit stammt. Und wie viel Abenteuerliches hat dieser Mann zu berichten, der nach Pythagoras der engagierteste Zauberschüler war! Er berichtet von der Pflanze Aglaophotis, die ihren Namen wegen der Verwunderung der Menschen wegen ihrer besonderen Farbe erhielt und die in den Marmorbrüchen Arabiens auf persischer Seite gedeiht, weshalb sie auch Tnarmaritis [= Marmorpflanze] genannt wird; die Magier benutzen es, wenn sie die Götter anrufen wollen.

Viele spätantike Beschwörungen (magische Papyri) berufen sich auf Hekate als wichtigste Göttin. Sie wurde normalerweise in Liebesmagie angerufen und dann oft in Verbindung mit Hunden und sogar mit Cerberus. In den magischen Papyri wurde Medea manchmal anstelle von Hekate angerufen.

Die Alraune war auch die Pflanze von Circe. Als Tochter von Helios kannte sie sich mit Magie aus und lebte an der italienischen Küste oberhalb von Sizilien. Heute bleibt der Monte Cicero der heilige Berg von Circe.
Möglicherweise wurde die Alraune schon früh mit Molybdän identifiziert.

Über den rituellen Gebrauch der Alraune in Germanien kann nur spekuliert werden. Die Alraune wurde offenbar hauptsächlich mit Liebesmagie und Weissagung, aber auch mit magischer und ritueller Heilung in Verbindung gebracht. Hildegard von Bingen beschrieb ein kleines Ritual zur Beeinflussung der Psyche (eine Art rituelle Heilung von Depressionen):
Und wenn ein Mensch so verwirrt in seiner Natur ist, dass er immer traurig und immer in Not ist, so dass er oft Schwäche und Schmerz im Herzen hat, sollte er Alraune nehmen, nachdem sie bereits mit ihrer Wurzel aus dem Boden gezogen wurde, und er sollte es für einen Tag und eine Nacht in eine Quelle legen ... und dann, von der Quelle gewaschen, neben sich in sein Bett legen. Die Pflanze wird warm von seinem Schweiß, und er soll sagen: „Gott, der den Menschen ohne Schmerz aus dem Schmutz der Erde macht. Nun stelle ich diese Erde, die nie betreten wurde, neben mich, damit auch meine Erde jenen Frieden verspüre, den du geschaffen hast.“

In der Magie der Renaissance und im frühneuzeitlichen Okkultismus wurde Alraune als Räucherwerk verwendet, das unter dem Einfluss des Mondes stand. In Mecklenburg wurden früher Alraunen unter das Kopfkissen gelegt, damit man prophetische Träume hatte.
In Rumänien existierte bis ins frühe 20. Jahrhundert ein erotischer Alraunenkult (Eliade 1942). In diesem Kult galt die Alraune als Pflanze des Lebens und des Todes und galt als Aphrodisiakum und magisches Liebesmittel. Geerntet wurde die Pflanze bei Vollmond zwischen Ostern und Christi Himmelfahrt. Die Ernte erfolgte nach rituellen Richtlinien:
Die Pflanze sollte gesammelt werden, ohne dass andere es wissen;
 . . . Frauen und Mädchen tanzen nackt um die Alraune, manchmal begnügen sie sich damit, ihre Haare einfach herunterzulassen. Die Paare liebkosen und umarmen sich. Um die Blätter der Alraune zu sammeln, legen sich die Mädchen nach Art des Geschlechtsakts aufeinander. Vier junge Mädchen pflücken die Alraune und sprechen Zauberformeln darüber; Sie vergraben es mitten auf der Straße, wo sie dann völlig nackt tanzen. Während des Tanzes bleiben vier Jungen in der Nähe, um auf sie aufzupassen; Sie wiederholen:

„Alraune, gute Mutter,
Heirate mich in diesem Monat,
wenn nicht hier, dann im nächsten,
aber mach es so, dass ich kein Mädchen mehr bleibe.“

Opfergaben (Salz, Brot, Zucker, Wein, Alkohol, Eier usw.) wurden in das Loch gelegt, aus dem die Alraune genommen wurde. Die Wurzel wurde nach Hause getragen, sorgfältig gewaschen und als Talisman getragen.